Jonas Wilfert wuchs in Hohburg bei Leipzig auf. Seit frühester Kindheit war ihm klar, dass seine Leidenschaft der Kirchenmusik gilt. Bereits im Grundschulalter begleitete er regelmäßig Gottesdienste an der Orgel.

Ab dem sechsten Lebensjahr erhielt er Klavierunterricht und eine umfangreiche musikalische Ausbildung durch Horst Anders. Mit zwölf Jahren bekam er ersten Orgelunterricht von Marcus Friedrich. Sehr geprägt wurde er von seinen Lehrern Elmar Lehnen und Matthias Eisenberg. Wertvolle Impulse erhielt er außerdem bei zahlreichen Meisterkursen, vorrangig auf dem Gebiet der Improvisation.

Das Studium der Kirchenmusik und der Orgelimprovisation bei Prof. Wolfgang Seifen (Universität der Künste) führten Jonas Wilfert nach Berlin, wo er seit 2016 Regens chori und Organist an der historischen Hill-Orgel in St. Afra ist.

Als Solist trat er unter anderem beim Leipziger Bachfest, den Leipziger Wagner-Festtagen, im Berliner Dom und im Gewandhaus zu Leipzig, so wie in der Glasgow Cathedral auf. Für ein Improvisationskonzert über Wagner-Themen erhielt Jonas Wilfert ein Bayreuth-Stipendium der Richard-Wagner-Stipendienstiftung.
Er ist außerdem ein gefragter Improvisator zu Stummfilmen.

Als Dirigent arbeitete er unter anderem mit dem Landesjugendchor Sachsen, dem Bach-Chor Berlin, der Sing-Akademie zu Berlin und dem Preußischen Kammerorchester.
Seit 2018 ist er künstlerischer Leiter des Orchesters „Junges Ensemble Leipzig“. Darüber hinaus ist Jonas Wilfert als Musikschullehrer tätig.

2020 komponierte er ein Passions-Oratorium auf Grundlage von Otto Mallings „Die sieben Worte des Erlösers am Kreuze“. Gemeinsam mit dem Sänger Ingo Witzke entstand von diesem Werk eine CD-Einspielung, die im Radio MDR Kultur und MDR Klassik einer großen Öffentlichkeit vorgestellt wurde.

Mit dem Trompeter Toni Fehse spielt er seit 2009 zahlreiche Duo-Konzerte im In- und Ausland. 2017 erschien beim Leipziger Label Rondeau Productions ihre erste CD mit eigenen Transkriptionen romantischer Musik. www.fehse-wilfert.de